Методология и инструментарий создания обучающих выборок для систем искусственного интеллекта по распознаванию рака легкого на КТ-изображениях
- Авторы: Кульберг Н.С.1,2, Гусев М.А.1,3, Решетников Р.В.1,4, Елизаров А.Б.1, Новик В.П.1, Прокудайло С.Б.1, Филиппович Ю.Н.3, Гомболевский В.А.1, Владзимирский А.В.1, Камынина Н.Н.5, Морозов С.П.1
-
Учреждения:
- ГБУЗ города Москвы «Научно-практический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий Департамента здравоохранения города Москвы»
- Федеральный исследовательский центр «Информатика и управление» Российской академии наук
- ФГБОУ ВО «Московский политехнический университет»
- Институт молекулярной медицины, ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет им И.М. Сеченова» (Сеченовский университет), Минздрава России
- ГБУ «Научно-исследовательский институт организации здравоохранения и медицинского менеджмента Департамента здравоохранения города Москвы»
- Выпуск: Том 64, № 6 (2020)
- Страницы: 343-350
- Раздел: ПРОБЛЕМЫ СОЦИАЛЬНО ЗНАЧИМЫХ ЗАБОЛЕВАНИЙ
- Статья получена: 25.10.2024
- URL: https://hum-ecol.ru/0044-197X/article/view/637940
- DOI: https://doi.org/10.46563/0044-197X-2020-64-6-343-350
- ID: 637940
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Введение. Методы медицинской визуализации позволяют диагностировать многие заболевания на ранних стадиях развития, способствуя повышению выживаемости пациентов. Актуальным и перспективным средством повышения качества диагностики являются системы искусственного интеллекта (ИИ), для обучения которых необходимы высококачественные аннотированные и размеченные наборы медицинских изображений.
Целью исследования является повышение качества диагностики рака легкого с помощью использования систем ИИ.
Материал и методы. Разработана методология и программное обеспечение, позволяющие в короткое время сформировать обучающие выборки для создания систем ИИ по распознаванию рака легкого. Для обоснования методологии сравнивали точность и быстродействие основных подходов к созданию обучающих выборок на компьютерных моделях опухолевых образований. Для разметки объектов интереса использовали ранее разработанную авторами кластерную модель обозначения локализации. При разработке программного обеспечения использовали языки C++ и Kotlin.
Результаты. Разработан шаблон структурированной аннотации со словарём терминов, ставший основой для создания информационной системы. Последняя состоит из трёх взаимодействующих между собой модулей, два из которых выполняются на мощностях удалённого сервера и один - на персональном компьютере или мобильном устройстве конечного пользователя. Фундаментом информационной системы является серверная часть, отвечающая, отвечающий за логику работы с исследованиями. За взаимодействие с клиентскими приложениями отвечает веб-сервер, роль которого заключается в идентификации пользователей, работе с базой данных, управлении подключением к системе передачи и архивации изображений и выгрузке отчетов. В качестве клиентской части выступает веб-приложение с графическим интерфейсом, позволяющим оптимизировать разметку и аннотацию изображений.
Заключение. Созданы алгоритмическая основа и программный комплекс, позволяющие проводить разметку компьютерных томограмм с целью создания обучающих выборок для разработки систем ИИ. Разработанную информационную систему использовали для разметки и аннотации КТ-исследований в рамках проекта «Московский скрининг рака лёгкого».
Об авторах
Николай Сергеевич Кульберг
ГБУЗ города Москвы «Научно-практический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий Департамента здравоохранения города Москвы»; Федеральный исследовательский центр «Информатика и управление» Российской академии наук
Автор, ответственный за переписку.
Email: kulberg@npcmr.ru
ORCID iD: 0000-0001-7046-7157
Канд. физ.-мат. наук, руководитель отдела ГБУЗ «Научнопрактический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий Департамента здравоохранения города Москвы», 109029, Москва.
e-mail: kulberg@npcmr.ru
РоссияМ. А. Гусев
ГБУЗ города Москвы «Научно-практический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий Департамента здравоохранения города Москвы»; ФГБОУ ВО «Московский политехнический университет»
Email: noemail@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-8864-8722
Россия
Р. В. Решетников
ГБУЗ города Москвы «Научно-практический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий Департамента здравоохранения города Москвы»; Институт молекулярной медицины, ФГАОУ ВО «Первый Московский государственный медицинский университет им И.М. Сеченова» (Сеченовский университет), Минздрава России
Email: noemail@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-9661-0254
Россия
А. Б. Елизаров
ГБУЗ города Москвы «Научно-практический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий Департамента здравоохранения города Москвы»
Email: noemail@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0003-3786-4171
Россия
В. П. Новик
ГБУЗ города Москвы «Научно-практический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий Департамента здравоохранения города Москвы»
Email: noemail@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-6752-1375
Россия
С. Б. Прокудайло
ГБУЗ города Москвы «Научно-практический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий Департамента здравоохранения города Москвы»
Email: noemail@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0003-0970-3645
Россия
Ю. Н. Филиппович
ФГБОУ ВО «Московский политехнический университет»
Email: noemail@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-9419-2282
Россия
В. А. Гомболевский
ГБУЗ города Москвы «Научно-практический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий Департамента здравоохранения города Москвы»
Email: noemail@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0003-1816-1315
Россия
А. В. Владзимирский
ГБУЗ города Москвы «Научно-практический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий Департамента здравоохранения города Москвы»
Email: noemail@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-2990-7736
Россия
Н. Н. Камынина
ГБУ «Научно-исследовательский институт организации здравоохранения и медицинского менеджмента Департамента здравоохранения города Москвы»
Email: noemail@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0002-0925-5822
Россия
С. П. Морозов
ГБУЗ города Москвы «Научно-практический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий Департамента здравоохранения города Москвы»
Email: noemail@neicon.ru
ORCID iD: 0000-0001-6545-6170
Россия
Список литературы
- Riquelme D., Akhloufi M.A. Deep learning for lung cancer nodules detection and classification in CT scans. AI. 2020; 1(1): 28-67. https://doi.org/10.3390/ai1010003
- Bell D.J., Morgan M.A. Lung-RADS. National Cancer Institute (NCI). Available at: https://radiopaedia.org/articles/lung-rads
- Морозов С.П., Кульберг Н.С., Гомболевский В.А., Ледихова Н.А., Соколина И.А., Владзимирский А.В. и др. Тегированные результаты компьютерных томографий легких, база данных. Патент RU № 2018620500; 2018.
- Морозов С.П., Кульберг Н.С., Гомболевский В.А., Ледихова Н.А., Соколина И.А., Владзимирский А.В. и др. Обучающий набор компьютерных томограмм легких. Патент RU № 2018620427; 2018.
- Li Z., Wang C., Han M., Xue Y., Wei W., Li L.J., et al. Thoracic Disease Identification and Localization with Limited Supervision. Available at: https://arxiv.org/abs/1711.06373
- Armato S.G., McLennan G., Bidaut L., McNitt-Gray M.F., Meyer C.R., Reeves A.P., et al. The Lung Image Database Consortium (LIDC) and Image Database Resource Initiative (IDRI): A completed reference database of lung nodules on CT scans. Med. Phys. 2011; 38(2): 915-31. https://doi.org/10.1118/1.3528204
- Kan S.H. Metrics and Models in Software Quality Engineering. Boston: Addison-Wesley Professional; 2003.
- Ковалев В.А., Левчук В.А., Калиновский А.А., Фридман М.В. Сегментация опухолей на полнослайдовых гистологических изображениях с использованием технологии глубокого обучения. Информатика. 2019; 16(2): 18-26.
- Xu R., Zhou X., Hirano Y., Tachibana R., Hara T., Kido S., et al. Particle system based adaptive sampling on spherical parameter space to improve the MDL method for construction of statistical shape models. Comput. Math. Methods Med. 2013; 2013: 196259. https://doi.org/10.1155/2013/196259
- Armato S.G., Meyer C.R., Mcnitt-Gray M.F., McLennan G., Reeves A.P., Croft B.Y., et al. The Reference Image Database to Evaluate Response to therapy in lung cancer (RIDER) project: A resource for the development of change analysis software. Clin. Pharmacol. Ther. 2008; 84(4): 448-56. https://doi.org/10.1038/clpt.2008.161
- Bakr S., Gevaert O., Echegaray S., Ayers K., Zhou M., Shafiq M., et al. A radiogenomic dataset of non-small cell lung cancer. Sci. Data. 2018; 5: 180202. https://doi.org/10.1038/sdata.2018.202
Дополнительные файлы
