Журнал издается на базе Северного государственного медицинского университета (г. Архангельск) с 1994 года.
В марте 2004 г. журнал стал победителем конкурса им. М. В. Ломоносова в области научно-исследовательских и внедренческих работ по проблемам охраны окружающей среды, формированию экологической культуры населения. С 2005 г. журнал выходит в свет ежемесячно.
С 2006 г. электронная версия журнала «Экология человека» (включая архивные выпуски за 2003–2005 гг.) размещается на платформе Научной электронной библиотеки (НЭБ) <www.elibrary.ru>.