ANALYSIS OF CONTINUOUS DATA USING R



Cite item

Abstract

The article presents basic algorithms of R software using for continuous data analysis. The basic algorithms for comparing quantitative data of one, two and three or more independent and related samples using parametric and non-parametric criteria are presented.

Full Text

Использование аналитической статистики является важным этапом современных биомедицинских исследований, но успешное применение статистических методов требует от исследователя ряда навыков -понимания подходов к выбору тестов, знания условий применения тестов и требований к данным, а также понимания возможностей программного обеспечения для вычислений и визуализации данных. Программная среда R позволяет в полной мере проводить статистические расчеты и выполнять работу с графикой. Язык программирования R создан новозеландскими статистиками Ross Ihaka и Robert Gentleman. Он обладает широким набором удобных возможностей для выполнения статистического анализа. R является языком профессиональных стати -стиков, и все последние достижения статистической науки очень быстро становятся доступными для пользователей R во всем мире, реализуясь в виде дополнительных библиотек - приложений к данному программному пакету [3]. Различные аспекты анализа данных являются предметом постоянного внимания исследователей, продолжается обсуждение применения различных статистических методов в отдельных областях клинической медицины [18]. Практические вопросы использования статистических методов в работе с данными в программной среде R помогают решать существующие руководства и сетевые ресурсы [1, 2, 11, 16, 21, 25, 26, ] Подходы к анализу непрерывных данных Анализ непрерывных данных - обязательный этап изучения биомедицинских данных. К таким данным относятся, например, уровень систолического артериального давления, продолжительность жизни, уровень гемоглобина и проч. Анализ непрерывных данных начинается с их описания и визуализации (описательная статистика), в то время как аналитическая статистика является следующим этапом обработки данных. Наиболее часто встречающейся техникой, используемой в аналитической статистике, является тестирование значимости нулевой гипотезы (null hypothesis significance testing - NHST) [13]. После выполнения тестирования 51 Методология научных исследований значимости при количестве групп более двух целесообразно проведение post-hoc тестов, а затем оценка величины эффекта. Методы NHST делятся на два группы - параметрические и непараметрические, а выбор вида анализа связан с предположениями относительно распределения данных. Параметрическими называются методы, используемые при работе с распределениями, описываемыми параметрами (среднее арифметическое, стандартное отклонение), т. е. соответствующими гауссовскому (нормальному) распределению. Часто используемыми параметрическими методами являются t-тесты (критерий Стьюдента), дисперсионный анализ, регрессионный анализ с использованием метода наименьших квадратов, корреляционный анализ. При использовании параметрических методов предполагается, что данные соответствуют нормальному распределению и это распределение сохраняется при разделении на группы в ходе изучения. Например, при применении двухвыборочного t-теста предполагается, что две выборки исходят из популяции с нормальным распределением изучаемого признака и с одинаковым стандартным отклонением значения данного признака. Следует отметить, что важность допущений для t-методов снижается по мере увеличения размера выборки. Непараметрические методы, такие как знаковый тест, тест Манна - Уитни, ранговая корреляция, не требуют следования данных какому-либо распределению. Эти методы используют порядок рангов наблюдений, а не сами измерения [5]. Непараметрические методы часто используются при анализе данных с распределением, не отвечающим требованиям для параметрических методов. При этом особенно часто непараметрические методы используются при смещенных данных, хотя трансформация данных могла бы сделать их пригодными для применения параметрических методов [8]. Особое значение выбор теста приобретает в случае изучения малых выборок. Следует отметить, что отказ от параметрических методов не всегда возможен, хотя в этом случае бывает трудно оценить нормальность распределения [7]. Некоторые исследователи считают возможным полагаться на предшествующий опыт, знание о близком к нормальному распределению показателей, допускают использование трансформации данных. Логично, что тесты оценки нормальности распределения предлагаются как критерий выбора между параметрическими и непараметрическими методами, но подобный подход тем не менее подвергается критике [14, 17, 22, 24]. Выбор теста для анализа непрерывных данных Выбор теста NHST при анализе непрерывных данных зависит от характера распределения (нормальное или отличается от нормального), количества сравниваемых групп (одна группа, две или больше двух) и зависимости сравниваемых выборок друг от друга (табл. 1). Экология человека 2018.11 Таблица 1 Выбор теста для анализа непрерывных данных Кол-во групп Связанность групп Тест Функция в R Нормальное распределение непрерывных данных Одна - Одновыборочный t-test t.test (x, mu) Две Несвязанные Двухвыборочный t-test t.test (formula, paired = F) Две Связанные Парный t-test t.test (formula, paired = T) Три и больше Несвязанные Дисперсионный анализ aov (formula) Три и больше Связанные Дисперсионный анализ с повторными измерениями aov (formula) Распределение непрерывных данных, отличное от нормального Одна - Одновыборочный Wilcoxon test wilcox.test (x, mu) Две Несвязанные Mann-Whitney U test wilcox.test (formula, paired = F) Две Связанные Парный Wilcoxon wilcox.test (formula, paired = T) Три и больше Несвязанные Kruskal-Wallis Test kruskal.test (formula) Три и больше Связанные Friedman Rank Sum Test friedman.test (formula) На втором этапе анализа, если это необходимо, в качестве теста для последующих апостериорных сравнений (post-hoc анализ) может быть использован Dunn’s тест для множественных сравнений - в R он может быть выполнен с помощью функции DunnTest из пакета DescTools. Формат функции зависит от связанности групп: при несвязанных группах: DunnTest (formula, method =...), при связанных группах: DunnTest (x, method =...). Формула lhs ~ rhs, где lhs - числовые данные, rhs - группы; x - лист числовых значений. Используемые методы определяются параметром method = c (“holm”, “hochberg”, “hommel”, “bonferroni”, “BH”, “BY”, “fdr”, “none”). Далее в процессе анализа данных используются тесты для определения величины эффекта. В табл. 2 Таблица 2 Выбор теста оценки величины эффекта при нормальном распределении Кол-во групп Связанность групп Тест Функция R или формула Одна - Cohen’s d Ц/ц, Две Несвязанные Cohen’s d CohenD {DescTools} Две Связанные Cohen’s d y/N Три и больше Несвязанные n2 EtaSq (..., type=2) {DescTools} Три и больше Связанные Vc EtaSq (..., type=1) {DescTools} 52 Экология человека 2018.11 Методология научных исследований представлены тесты оценки величины эффекта при нормальном распределении значений изучаемого непрерывного показателя. Для оценки величины эффекта при количестве групп меньше трех часто используется показатель Cohen’s d - стандартизованная величина эффекта для одновыборочного t-теста, представляющая собой разницу между средней выборки и оцениваемым значением, в единицах стандартного отклонения выборки [10, 12]. Показатель может быть рассчитан по Cohen’s d для двух несвязанных групп - это отношение разницы средних к объединенному стандартному отклонению. В R для расчета данного показателя можно использовать функцию CohenD пакета DeskTools в формате CohenD (x, y, conf.level =.95), где x, y - числовые векторы. Для связанных групп Lakens (2013) предлагает определять Cohen’s d по формуле [23]: а = -. ViV Сам Cohen определил пограничные значения для оценки показателя d: 0,2 - малый, 0,5 - средний, 0,8 - большой. Таблица интерпретации величины эффекта Cohen’s d может выглядеть так 0 < 0,2 - незначимая; 0,2 < 0,5 - малая; 0,5 < 0,8 - средняя; 0,8 < 1,0 - большая. При количестве трех и более сравниваемых групп используются показатели: эта-квадрат (п2), парциальный эта-квадрат (п2р), генерализованный эта-квадрат (n2G). Величина эффекта при дисперсионном анализе в несвязанных группах определяется значениями п2 и П2р, равными в случае однофакторного анализа [27]. По Cohen значения для оценки п2: малый (п2 = 0,01), средний (п2 = 0,06) и большой (п2 = 0,14) эффекты Для оценки величины эффекта в связанных группах рекомендуют использовать генерализованный эта-квадрат (пУ [15, 19]. В табл. 3 представлены тесты оценки величины эффекта при распределении значений изучаемого непрерывного показателя, отличном от нормального. Таблица 3 Выбор теста оценки величины эффекта при распределении, отличающемся от нормального Кол-во групп Связанность групп Тест Функция в R или формула Одна - г2 (п2) Z2 п Две Несвязанные г2 (п2) Z2 п Две Связанные г2 (п2) Z2 п Три и больше Несвязанные п2 Три и больше Сязанные KendallW KendallW {Desc Tools} В случае распределения, отличного от нормального, оценка величины эффекта при количестве групп меньше трех может быть выполнена с использованием стандартизованного Z-значения, получаемого при выполнении теста Манна - Уитни - Уилкоксона. Полученное значение г2 приравнивается к п2 и рассматривается одновременно и как индекс, принимающий значения от 0 до 1, и как обусловленная независимой переменной доля дисперсии зависимой переменной [27]. Расчет выполняется по формуле: /• (// ) = -, п где n - общее количество наблюдений, на котором основано значение Z. При наличии трех и более несвязанных групп используется тест Kruskal-Wallis. Расчет показателя величины эффекта п2 может быть выполнен по формуле [27] п2н = (H-k+1) / (n-k), где H - показатель статистики теста, k - количество групп, n - количество наблюдений. При количестве трех и более связанных групп для оценки величины эффекта определяется показатель согласия Kendall’s W Оценка данного показателя в интерпретации Cafiso [9]: 0 < W < 0,3 - слабая; 0,3 < W < 0,5 - умеренная; 0,5 < W < 0,7 - хорошая; 0,7 < W < 1,0 - сильная. Используемые данные и пакеты Используемые данные получены в результате случайной выборки из Архангельского областного регистра родов [4] с небольшой модификацией. Подготовка данных к анализу представлена на рис. 1. Листинг 1 Импорт из файла df <- foreign::read.spss("Simulated_sample.sav", to.data.frame = TRUE) преобразования в таблице данных df <- df %>% select(-ID) %>% mutate(lowBirthWeight = factor(ifelse(BIrthweight < 2500, 'yes', 'no')), Anemia = as.factor(Anemia), Preeclampsia = as.factor(Preeclampsia), Maternal_age_group = factor(cut(Maternal_age, breaks = c(14, 20, 25, 30, 35, 50), labels = c('<20', '20-25', '25-30','30-35', '>35'))), Infant_sex = as.factor(as.character(Infant_sex))) Рис. 1. Импорт данных из файла и преобразование данных Для демонстрации использования методов NHST созданы симуляционные данные (рис. 2). - dataframe df_unpaired: в столбце с1 данные сгенерированы как имеющие нормальное распределение, в столбце с2 - распределение, отличающееся от нормального. Столбцы f1 и f2 симулируют категориальные данные; - dataframe df_pired создан для симуляции тестов со связанными группами. В столбцах tn1:tn2 - данные с нормальным распределением; в столбцах td 1 :td3 - с отличающимся от нормального распределением. 53 Методология научных исследований Экология человека 2018.11 Листинг 2 set.seed(123) df_unpaired <- data_frame(f1 = factor(sample (LETTERS[1:2], 200, replace = TRUE)), f2 = factor(sample(LETTERS[5: 7], 200, replace = TRUE)), c1 = round(rnorm(200, 30, 5), 2), c2 = round(c(rnorm(120, 30, 5), rnorm(80, 50, 10)),2)) set.seed(1234) df_paired <- data_frame(id = 1 : 40, tn1 = round(rnorm(40, 90, 10),1), tn2 = round(rnorm(40, 85, 7),1), tn3 = round(rnorm(40, 95, 12),1), td1 = round(c(rnorm(30, 30, 5), rnorm(10, 50, 10)),1), td2 = round(c(rnorm(30, 35, 7), rnorm(10, 55, 7)),1), td3 = round(c(rnorm(30, 40, 10), rnorm(10, 45, 5)),1)) Рис. 2. Создание симуляционных данных Последующий анализ данных выполнен в программной среде R версии 3.5.0. Для выполнения статистических тестов использовались функции базового пакета R, а также пакеты nortest, car, DescTools. Предварительная оценка данных Предварительное изучение данных, предшествующее выполнению статистических тестов и определяющее возможность применения параметрических методов, включает в себя оценку нормальности распределения и оценку однородности групповых дисперсий. Для оценки нормальности распределения могут быть использованы графические методы - построение гистограмм, диаграмм плотности, квантильных диаграмм [20]. В случае изучения двух и более групп сравнения полезными являются коробочные диаграммы. Оценка нормальности распределения также проводится с помощью формальных тестов - Шапиро - Вилка, Колмогорова - Смирнова, Андерсона - Дарлинга. Создание гистограмм и квантильных диаграмм для оценки нормальности распределения функциями базового пакета R Используем таблицу симулированных данных df_unpaired для демонстрации использования функций базового пакета для создания графиков (рис. 3). На данном рисунке в том числе представлены гистограмма и квантильная диаграмма при нормальном распределении (сверху) и распределении, отличающемся от нормального (внизу). Листинг 3 par(mfrow = c(1, 2)) hist(df_unpaired$c1, breaks =30) гистограмма qqnorm(df_unpaired$c1);qqline(df_unpaired$c1) кван-тильная диаграмма Histogram of df_unpaired Normal Q-Q Plot <13 СГ 20 30 40 -3 -1 1 3 df unpaired$c1 Theoretical Quantiles par(mfrow = c(1, 1)) par(mfrow = c(1, 2)) hist(df_unpaired$c2, breaks=30) гистограмма qqnorm(df_unpaired$c2);qqline(df_unpaired$c1) кван-тильная диаграмма par(mfrow = c(1, 1)) Histogram of df_unpaired à Ülbfl n I I I I I I 20 40 60 df_unpaired$c2 Normal Q-Q Plot (f) Ф _ У С О CÜ со / 5 о : ф Е о! ni 1 1 1 1 3-113 Theoretical Quantiles Рис. 3. Создание гистограмм распределения и квантильных диаграмм. Сверху представлено нормальное распределение, снизу - распределение, отличное от нормального Функция qqPlot из пакета car создает более наглядный Q-Q график (рис. 4) по сравнению с приведенными выше графиками, также соответствующими использованной ранее симуляционной выборке данных. На данном графике прямая непрерывная линия показывает предполагаемое теоретическое нормальное распределение, а тестируемое распределение, отображенное круглыми точками, было бы нормальным, если бы круглые точки в точности расположились бы на этой линии. Пунктирные линии ограничивают допустимые отклонения от нормального распределения в пределах доверительного интервала, задаваемого параметром envelope, по умолчанию равному 0,95. Соответственно точки за границами пунктирных линий указывают на то, что тестируемое распределение отличается от нормального. Также на графике отражаются «выбросы». Для построения данного графика может быть использован такой следующий формат функции: qqPlot (~ variable, data). Листинг 4 par(mfrow = c(1, 2)) car::qqPlot(~ c1, dat = df_unpaired) ## [1] 160 159 can::qqPlot(~ c2, dat = df_unpained) -3 -1 1 -'Ж I I 09 issir -'- ^ V -.- с2 40 I I 20 _1_1 I I I I I 1 1 1 1 1 -3 -1 1 norm quantiles norm quantiles ## [1] 149 135 par(mfrow = c(1, 1)) par(mfrow = c(1, 2)) car::qqPlot(~ Maternal_height, df, envelope =.99) ## 1120 89 ## 1113 89 car::qqPlot(~ Maternal_weight, df, envelope =.99) 54 Экология человека 2018.11 Методология научных исследований norm quantiles ## 721134 ## 701116 par(mfrow = c(1, 1)) Рис. 4. Создание Q-Q графиков с использованием функции qqPlot. Сверху представлены графики для 95 % доверительного интервала, снизу - для 99 % доверительного интервала Использование функции ggplot2 для создания диаграммы плотности и квантильной диаграммы представлено на рис. 5. Листинг 5 g1 <- ggplot(df, aes(Maternal_height)) + geom_ density() g2 <- ggplot(df, aes(sample = Maternal_height)) + stat_qq() + stat_qq_line() gridExtra::grid. arrange(g1, g2, nrow = 1) Рис. 5. Создание диаграммы плотности (слева) и квантильной диаграммы (справа) с использованием функции qqPlot Формальные тесты для оценки нормальности распределения Существует много тестов для оценки нормальности распределения, но в рамках данной статьи будут рассмотрены тесты Шапиро - Вилка, Колмогорова - Смирнова, Андерсона - Дарлинга для вышеупомянутого симуляционного набора данных df_unpaired. В представленном наборе данных переменная df_unpaired$c1 имеет нормальное распределение (была создана функцией rnorm со средним арифметическим и стандартным отклонением 30 и 5). В созданном векторе среднее арифметическое равно 30,21, стандартное отклонение - 4,98. Переменная df_unpaired$c2, напротив, имеет распределение, отличное от нормального. В созданном векторе среднее арифметическое равно 38,19, стандартное отклонение - 12,13. Shapiro-Wilk тест В R тест Шапиро - Вилка может быть выполнен с помощью функции shapiro.test(x), где х - числовой вектор с количеством значений от 3 до 5 000 (рис. 6). Листинг 6 нормальное распределение данных shapiro.test(df_unpaired$c1) ## ## Shapiro-Wilk normality test ## ## data :df_unpaired$c1 ## W = 0.99519, p-value = 0.7781 распределение данных отличается от нормального shapiro.test(df_unpaired$c2) ## ## Shapiro-Wilk normality test ## ## data :df_unpaired$c2 ## W = 0.93242, p-value = 0.0000000528 Рис. 6. Использование теста Шапиро - Вилка для проверки нормальности распределения Сравним p-value для переменной df_unpaired$c1, равное 0,778, и p-value < 0,001 для переменной df_unpaired$c2: в первом случае нельзя отклонить нулевую гипотезу о нормальности распределения, во втором случае - можно. Одновыборочный тест Колмогорова - Смирнова При выполнении теста Колмогорова - Смирнова набор данных сравнивается с предполагаемым видом распределения и его параметрами. Формат функции для оценки нормальности распределения будет следующим: ks.test (x, ‘pnorm’, mean, sd), где x - числовой вектор, ‘pnorm’ - предполагаемое распределение, meam и sd - параметры нормального распределения (среднее арифметическое и стандартное отклонение) В примере выполнен ks.test для переменной df_ unpaired$c1 с нормальным распределением (рис. 7). Листинг 7 ks.test(df_unpaired$c1, 'pnorm', 30, 5) ## ## One-sample Kolmogorov-Smirnov test ## ## data :df_unpaired$c1 ## D = 0.040348, p-value = 0.9006 ## alternative hypothesis: two-sided Рис. 7. Использование теста Колмогорова - Смирнова для проверки нормальности распределения в случае нормального распределения В данном случае для переменной df_unpaired$c1 результаты теста p-value = 0,9006, что не позволяют отклонить нулевую гипотезу о нормальности распределения изучаемой переменной. Также выполнен ks.test для переменной df_ unpaired$c2 с отличающимся от нормального распределением (рис. 8). Результаты теста p-value = 0,0009 позволяют отклонить нулевую гипотезу о нормальности распределения изучаемой переменной df_unpaired$c2. Листинг 8 ks.test(df_unpaired$c2, 'pnorm', mean(df_ unpaired$c2),sd(df_unpaired$c2)) ## ## One-sample Kolmogorov-Smirnov test ## ## data :df_unpaired$c2 ## D = 0.1386, p-value = 0.0009202 ## alternative hypothesis: two-sided Рис. 8. Использование теста Колмогорова - Смирнова для проверки нормальности распределения в случае распределения, отличающегося от нормального 55 Методология научных исследований Экология человека 2018.11 Тест Колмогорова - Смирнова показан при оценке нормальности распределения непрерывных данных, но при этом его использование не рекомендуется в случае повторяющихся данных [6]. Более подходящим для оценки нормальности распределения одной выборки является тест Андерсона - Дарлинга. Тест Андерсона - Дарлинга Выполнить тест Андерсона - Дарлинга позволяет функция ad.test пакета nortest (Anderson-Darling test for normality), формат функции: ad.test (x) , где х -числовой вектор с количеством значений более семи. На рис. 9 представлено применение теста для тех же переменных df_unpaired$c1 и df_unpaired$c2. Листинг 9 nortest::ad.test(df_unpaired$c1) ## ## Anderson-Darling normality test ## ## data :df_unpaired$c1 ## A = 0.25287, p-value = 0.732 nortest::ad.test(df_unpaired$c2) ## ## Anderson-Darling normality test ## ## data :df_unpaired$c2 ## A = 5.487, p-value = 0.0000000000001415 Рис. 9. Использование теста Андерсона - Дарлинга для проверки нормальности распределения в случае распределения, отличающегося от нормального Как видно из представленных выше листингов, результаты выполнения теста Андерсона - Дарлинга совпадают с результатами тестов Шапиро - Вилка и Колмогорова - Смирнова. Одновременное выполнение оценочных тестов для всех числовых переменных таблицы данных При работе с реальными данными можно выполнять тесты для отдельных переменных либо получить представление о данных, применив пользовательскую функцию. Предлагаемая пользовательская функция позволяет вычислить следующие показатели: - коэффициент асимметрии (skewness) и его доверительный интервал; - коэффициент эксцесса (kurtosis) и его доверительный интервал; - p-value при выполнении теста Шапиро - Вилка; - p-value при выполнении теста Андерсона - Дарлинга для всех числовых переменных таблицы данных. Использование данной функции представлено на рис. 10. Листинг 10 n_test <- function(dat) { options(scipen = -3, digits = 3) kurt_m0 <- apply(dat[sapply(dat, is.numeric) ], 2, function(x) Kurt(x, na.rm = TRUE, conf.level = .95,ci.type = 'basic')) skew_m0 <- apply(dat[sapply(dat, is.numeric) ], 2, function(x) Skew(x, na.rm = TRUE, conf.level =.95,ci.type = 'basic')) shapiro_pvalue <- apply(dat[sapply(dat, is.numeric) ], 2, function(x) shapiro.test(x)$p.value) ad_pvalue <-apply(dat[sapply(dat, is.numeric)], 2, function(x) nortest::ad.test(x)$p.value) cbind(t(round(skew_m0, 2)), t(round(kurt_m0, 2)), shapiro_pvalue,ad_pvalue knitr:: kable(as.data.frame(n_test(df ) ), digits = c ( 2, 2, 2, 2, 2, 2, 54, 54), caption = 'Результаты выполнения тестов', format = 'pandoc') Результаты выполнения тестов skew lwr.ci upr.ci kurt lwr.ci upr.ci shapiro pvalue ad pvalue Paternal age 0.99 0.61 1.32 2.68 -0.39 4.73 1.98e-23 3.70e-24 Maternal height -0.11 -0.24 0.02 0.22 -0.24 0.62 1.35e-07 2.19e-10 Maternal weight 1.11 0.98 1.25 1.66 1.08 2.23 1.37e-28 3.70e-24 Gestational age -2.66 -2.96 -2.38 10.35 8.27 12.69 7.04e-48 3.70e-24 N cigarettes day before 0.67 0.24 1.17 1.06 -0.44 2.78 3.44e-11 2.62e-16 N cigarettes during pregnancy 0.34 0.20 0.48 -0.58 -0.92 -0.32 1.04e-10 1.43e-16 Apgar1 -3.10 -3.49 -2.80 15.34 12.66 18.43 5.10e-53 3.70e-24 Apgar5 -3.85 -4.73 -3.40 28.38 24.90 35.23 7.00e-54 3.70e-24 Year of birth 0.01 -0.06 0.07 -1.51 -1.56 -1.46 7.37e-45 3.70e-24 Maternal age 0.21 0.13 0.29 -0.46 -0.58 -0.34 8.65e-11 9.18e-16 Birthweight -0.89 -1.09 -0.72 2.35 1.85 2.88 2.54e-25 3.70e-24 Birthlength -1.93 -2.31 -1.62 8.22 6.27 10.26 2.06e-39 3.70e-24 Рис. 10. Одновременное выполнение тестов для всех числовых переменных таблицы данных Как видно из таблицы, представленной в листинге 10, полученные результаты не позволяют назвать нормальным распределение переменных, входящих в изучаемую таблицу данных. Оценка однородности дисперсий Для сравнения дисперсий двух генеральных нормально распределенных совокупностей используется критерий Фишера F (F-тест). Решение более общей задачи проверки однородности дисперсии в двух или более группах осуществляется с использованием различных классических и непараметрических тестов: Левене, Бартлетта, Кохрана, Хартли, Флигнера - Килина, Ансари - Бредли, Сиджела - Тьюки, Муда и др. Критерий Левене считается малочувствительным к отклонениям анализируемых выборок от нормального распределения, но при этом он является и менее мощным. Тест Бартлетта не зависит от объема выборок, но чувствителен к отклонениям от нормальности распределения. Критерий Флигнера -Килина не требует предположений о нормальности сравниваемых выборок [2]. Тест Левене может быть выполнен с использованием функции leveneTest пакета car , Критерий Фишера (F тест), тесты Бартлетта и Флигнера - Килина - с помощью функций var.test, bartlett.test и fligner. test базового пакета в формате test_name(numeric_ variable ~ factor, data) (рис. 11). Листинг 11 options(scipen = 21, digits = 5) var.test(Maternal_height ~ Infant_sex, df) ## ##F test to compare two variances ## ## data:Maternal_height byInfant_sex 56 Экология человека 2018.11 Методология научных исследований ## F = 0.976, num df = 964, denom df = 1020, p-value =0.7 ## alternative hypothesis: true ratio of variances is not equal to 1 ## 95 percent confidence interval: ## 0.861871.10547 ## sample estimates: ## ratio of variances ## 0.97599 Тест Левене car::leveneTest(Maternal_height ~ Maternal_age_ group, df) Df Fvalue Pr(>F) <int> <dbl> <dbl> group 4 2.9746 0.018355 1985 NA NA bartlett.test(Maternal_height ~ Maternal_age_group, df) ## ## Bartlett test of homogeneity of variances ## ## data:Maternal_height byMaternal_age_group ## Bartlett's K-squared = 10.5, df = 4, p-value = 0.033 fligner.test(Maternal_height ~ Maternal_age_group, df) ## ## Fligner-Killeen test of homogeneity of variances ## ## data:Maternal_height byMaternal_age_group ## Fligner-Killeen:med chi-squared = 11, df = 4, p-value =0.026 Рис. 11. Использование тестов для оценки однородности дисперсий Тесты Levene, Bartlett, Fligner-Killeen показывают, что нулевая гипотеза о равенстве дисперсий при уровне а = 0,05 в группах может быть отклонена, при этом оценки значимости p-value различаются. Подготовка данных со связанными группами к выполнению статистических тестов В программной среде R статистические тесты могут быть выполнены различными путями. Таблицы данных (dataframe) наиболее часто используются для хранения данных. Одним из методов выполнения статистических тестов является использование формул, которые также предполагают использование должным образом созданных таблиц данных. Предложенная концепция tidydata [28] предполагает создание «опрятных данных». Основная идея «опрятных данных» заключается в размещении в одной строке таблицы данных только об одном наблюдении. Результаты повторных тестов должны приводиться в новой строке таблицы данных. Пакет tidyr, входящий в пакет tidyverse, включает в себя функции, позволяющие выполнять преобразование данных: функция gather превращает «широкую» таблицу в «длинную» (рис. 12), функция spread выполняет обратное действие. Листинг 12 set.seed(123) k <- 4 data_wide <- data_frame(id =1:k, t1 = round(rnorm (k, 110, 5),), t2 = round(rnorm (k, 115, 10),), t3 = round(rnorm (k, 120, 5),),) data_long <- data_wide %>% gather(key = 'test', value = 'result', -id) Рис. 12. Использование функции gather Пример анализа непрерывных данных для одной переменной, имеющей нормальное распределение В качестве меры центральной тенденции для непрерывных данных с нормальным распределением используется среднее арифметическое, как мера распределения - стандартное отклонение. Можно использовать функции базового пакета: mean, sd. Функция MeanCI возвращает значение с заданным доверительным интервалом. Одновыборочный t-test Одновыборочный t-test предполагает проверку нулевой гипотезы о равенстве средней выборки избранному значению. Рассмотрим результаты для симулированной таблицы данных: варианты результата при сравнении избранного значения mu в трех возможных вариантах альтернативной гипотезы (рис. 13). По умолчанию alternative = ‘two.sided’. В приведенном примере среднее значение переменной df_unpaired$c1 равно 30,21. Сравнение идет со значением 31, рассматриваются три варианта статистической гипотезы: 1. H0: р = 31, HA: р ф 31. 2. Н0: р > 31, HA: р < 31. 3. H0: р < 31, HA: р > 31. Листинг 13 MeanCI(df_unpaired$c1, conf.level =.95) ## mean lwr.ci upr.ci ## 30.210 29.516 30.905 sd(df_unpaired$c1) ## [1] 4.9795 mu <- 31 t.test(df_unpaired$c1, mu = mu, alternative = 'two.sided') ## ## One Sample t-test ## ## data:df_unpaired$c1 ## t = -2.24, df = 199, p-value = 0.026 ## alternative hypothesis: true mean is not equal to 31 ## 95 percent confidence interval: ## 29.51630.905 ## sample estimates: ## mean ofx ## 30.21 t.test(df_unpaired$c1, mu = mu, alternative = 'less') ## ## One Sample t-test ## ## data:df_unpaired$c1 ## t = -2.24, df = 199, p-value = 0.013 ## alternative hypothesis: true mean is less than 31 ## 95 percent confidence interval: ##-Inf30.792 ## sample estimates: ## mean ofx ## 30.21 t.test(df_unpaired$c1, mu = mu, alternative = 'gre') ## ## One Sample t-test ## ## data:df_unpaired$c1 ## t = -2.24, df = 199, p-value = 0.99 ## alternative hypothesis: true mean is greater than 31 ## 95 percent confidence interval: ## 29.629Inf ## sample estimates: ## mean ofx ## 30.21 При доверительном интервале 57 Методология научных исследований Экология человека 2018.11 t.test(df_unpaired$c1, mu = mu, alternative = 'two.sided', conf.level =.99) ## ## One Sample t-test ## ## data :df_unpaired$c1 ## t = -2.24, df = 199, p-value = 0.026 ## alternative hypothesis: true mean is not equal to 31 ## 99 percent confidence interval: ## 29.29531.126 ## sample estimates: ## mean ofx ## 30.21 Для одной переменной cohen_onevar <- function(num_var, m) { (mean(num_var, na.rm = TRUE) - m)/(sd(num_var, na.rm = TRUE)) } (d <- cohen_onevar(df_unpaired$c1, mu)) ## [1] -0.15857 Рис. 13. Использование t-теста Как видно из представленного листинга 13, только в третьем случае нулевая гипотеза не может быть отклонена. При изучении результатов t-теста нужно оценивать не только p-value, но и доверительный интервал. Сравним результаты выполнения теста при разных значения доверительного интервала. Доверительный интервал при уровне 0,99 - (29,3; 31,1) включает значение 31, доверительный интервал при уровне 0,95 - (29,5; 30,9) - нет. Пример отчета по результатам выполнения данного теста: переменная df_unpaired$c1 со средним арифметическим 30,21 и стандартным отклонением 4,98. При сравнении со значением 31 не может быть отвергнута при 95 % доверительном интервале нулевая гипотеза о том, что среднее значение переменной меньше значения 31. t(df= 199) = -2,243, p-value = 0,987. Величина эффекта незначительная (d = -0,159). Далее приведем пример анализа данных представленной в начале статьи симуляционной выборки. Рассмотрим переменную Maternal_height со средним арифметическим, равным 163,8, и стандартным отклонением, равным 6,24. Выполним одновыборочный t-тест, сравним результат теста с ожидаемым значением 164 (рис. 14). Листинг 14 mu <- 164 (rtt <- t.test(df$Maternal_height, mu = mu, var. equal = TRUE, conf.level =.95)) ## ## One Sample t-test ## ## data :df$Maternal_height ## t = -1.81, df = 1990, p-value = 0.071 ## alternative hypothesis: true mean is not equal to 164 ## 95 percent confidence interval: ## 163.47164.02 ## sample estimates: ## mean ofx ## 163.75 Определение (d <- cohen_onevar(df$Maternal_height, mu)) ## [1] -0.040535 Рис. 14. Использование одновыборочного t-теста для переменной Maternal_height Нулевая гипотеза о равенстве среднего арифметического выборки значению 164 не может быть отклонена, t = -1,808, p-value = 0,071, при незначимой величине эффекта (Cohen’s d = -0,041). Пример анализа непрерывных данных для одной переменной, имеющей распределение, отличающееся от нормального В качестве меры центральной тенденции для непрерывных данных с отличающимся от нормального распределением используется медиана, как мера распределения - среднее абсолютное отклонение, квартили, межквартильное расстояние. Для данного анализа можно использовать функции базового пакета: median, quantile, IQR, ‘mad’, summary. Одновыборочный критерий Уилкоксона используется для NHST у переменной с отличающимся от нормального распределением (рис. 15). Вариант критерия Wilcoxon signed rank test служит для проверки нулевой гипотезы о том, что анализируемая выборка происходит из симметрично распределенной генеральной совокупности с центром в точке р0 [2, 3]. В качестве точки р0 будет использовано значение 35, близкое к медиане, равной 34,415. Возможны три варианта гипотез: 1. H0: р = 35, HA: р * 35. 2. H0: р > 35, HA: р < 35. 3. H0: р < 35, HA: р > 35. Листинг 15 меры центральной тенденции summary(df_unpaired$c2) ## Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. ## 16.729.5 34.4 38.2 47.2 74.3 median(df_unpaired$c2) ## [1] 34.415 mu <- 35 (wt <- wilcox.test(df_unpaired$c2, mu = mu, correct = FALSE, conf.int =.95)) ## ## Wilcoxon signed rank test ## ## data:df_unpaired$c2 ## V = 11700, p-value = 0.047 ## alternative hypothesis: true location is not equal to 35 ## 95 percent confidence interval: ## 35.02539.410 ## sample estimates: ##(pseudo)median ## 37.203 wilcox.test(df_unpaired$c2, mu = mu, alternative = 'less', correct = FALSE, con f.int =.95) ## ## Wilcoxon signed rank test ## ## data:df_unpaired$c2 ## V = 11700, p-value = 0.98 ## alternative hypothesis: true location is less than 35 ## 95 percent confidence interval: ##-Inf39.07 ## sample estimates: ##(pseudo)median ## 37.203 wilcox.test(df_unpaired$c2, mu = mu, alternative = 'gre', correct = FALSE, conf.int =.95) ## ## Wilcoxon signed rank test ## 58 Экология человека 2018.11 Методология научных исследований ## data :df_unpaired$c2 ## V = 11700, p-value = 0.024 ## alternative hypothesis: true location is greater than 35 ## 95 percent confidence interval: ## 35.36Inf ## sample estimates: ## (pseudo)median ## 37.203 значение (Z <- qnorm(wt$p.value/2)) ## [1] -1.984 (r_sq <- Z**2/length(df_unpaired$c2)) ## [1] 0.019681 Рис. 15. Использование одновыборочного критерия Уилкоксона Результаты выполненных тестов показывают, что только во втором случае нельзя отклонить нулевую гипотезу о том, что анализируемая выборка происходит из симметрично распределенной генеральной совокупности с центром в точке, большей 35. Пример отчета по результатам данного анализа: медиана df_unpaired$c2 - 34,4, первый квартиль - 29,5, третий квартиль - 47,17. Одновыборочный критерий Уилкоксона указывает на малую статистическую значимость того, что анализируемая выборка происходит из центра, не равного 35, Z = -1,984, p-value = 0,047, при слабой величине эффекта 0,02. Далее приведем пример из данных ранее использованного регистра. Медиана переменной Maternal_ weight равна 61, первый и третий квартили равны 55 и 70 соответственно. Оценим нулевую гипотезу о происхождении анализируемой выборки из симметрично распределенной генеральной совокупности с центром в точке 62 (рис. 16). Листинг 16 mu <- 62 (wt <- wilcox.test(df$Maternal_weight, mu = mu, correct = FALSE, conf.int =.95)) ## ## Wilcoxon signed rank test ## ## data :df$Maternal_weight ## V = 907000, p-value =0.63 ## alternative hypothesis: true location is not equal to 62 ## 95 percent confidence interval: ## 61.562.5 ## sample estimates: ##(pseudo)median ## 62 (Z <- qnorm(wt$p.value/2)) ## [1] -0.48445 (r_sq <- Z**2/length(na.omit(df$Maternal_weight))) ## [1] 0.00011907 Рис. 16. Использование одновыборочного критерия Уилкоксона для переменной Maternal_height Пример анализа непрерывных данных для двух несвязанных выборок, имеющих нормальное распределение Анализ данных для двух несвязанных групп, имеющих нормальное распределение изучаемого непрерывного признака, включает в себя выполнение t-теста для проверки нулевой гипотезы об отсутствии различий и определение Cohen d как показателя величины эффекта (рис. 17). В симуляционном наборе данных df_unpaired имеется числовая переменная c1 с нормальным распределением данных и переменная f1, являющаяся фактором с двумя значениями A и B. Число значений, соответствующих категории A фактора f1, составляет 103, со средним арифметическим, равным 29,789; число значений, соответствующих категории B фактора f1, составляет 97, со средним арифметическим, равным 30,658. Нулевая гипотеза предполагает, что разница между средними значениями равна нулю, и t-тест позволяет проверить эту гипотезу. Тест может быть выполнен в формате t.test(numeric_variable ~ factor, data). Листинг 17 (dat <- df_unpaired %>% group_by(f1) %>% summarise(n = n(), mean_c = mean(c1), sd_c = sd(c1))) f1 n mean_c sd_c <fctr> <int> <dbl> <dbl> _A_103_29.789_5.2250 B 97 30.658 4.6902 ggplot(df_unpaired, aes(f1, c1)) + geom_boxplot() + coord_flip() в A 20 25 30 35 40 c1 t.test(c1 ~ f1, df_unpaired) ## ## Welch Two Sample t-test ## ## data:c1 byf1 ## t = -1.24, df = 198, p-value = 0.22 ## alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 ## 95 percent confidence interval: ##-2.252430.51362 ## sample estimates: ## mean in group A mean in group B ## 29.78930.658 Создание векторов значений x <- df_unpaired$c1[df_unpaired$f1 == 'A'] y <-df_unpaired$c1[df_unpaired$f1 =='B'] Выполнение теста (d <- CohenD(x, y, correct = FALSE, conf.level =.95, na.rm =TRUE)) ## d lwr.ciupr.ci ##-0.17483-1.984670.97500 ## attr(,"magnitude") ## [1] "negligible" Выполнение теста CohenD(x, y, correct = TRUE, conf.level =.95, na.rm =TRUE) ## d lwr.ciupr.ci ##-0.17416-1.984580.97500 ## attr(,"magnitude") ## [1] "negligible" Рис. 17. Анализ данных для двух несвязанных групп с помощью t-теста и оценка числовой переменной с1 в разрезе категорий фактора f1 Пример отчета по итогам выполнения анализа: нулевая гипотеза о равенстве средних не может быть отклонена. Результаты t-теста: t = -1,24, p-value = 0,217. 95 % доверительный интервал: -2,252, 59 Методология научных исследований Экология человека 2018.11 0,514, включает 0. Величина эффекта Cohen d = -0,175, незначимая. Для примера использования данного теста сравним рост матерей, родивших девочек или мальчиков (рис. 18). Нулевая гипотеза предполагает, что рост матерей в данных двух группах одинаков. Листинг 18 df %>% select(Maternal_height, Infant_sex) %>% drop_na() %>% group_by(Infant_sex) %>% summarise(n = n(), mean_h = mean(Maternal_ height), sd_h =sd(Maternal_height)) Infant_sex n mean_h sd_h <fctr> <int> <dbl> <dbl> _Female_965_163.55_6.1951 Male 1025 163.94 6.2708 df %>% select(Maternal_height, Infant_sex) %>% drop_na() %>% ggplot(aes(Infant_sex, Maternal_height)) + geom_ boxplot() +coord_flip() x Maie- • • • •• CD - Female- • • --- • 140 150 160 170 180 Maternai heiaht (tt <- t.test(Maternal_height ~ Infant_sex, df, conf.level =.95)) ## ## Welch Two Sample t-test ## ## data:Maternal_height by Infant_sex ## t = -1.4, df = 1980, p-value =0.16 ## alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 ## 95 percent confidence interval: ##-0.938670.15772 ## sample estimates: ## mean in groupFemale mean in groupMale ##163.55163.94 x <- df$Maternal_height[df$Infant_sex == «Female»] y <- df$Maternal_height[df$Infant_sex ==»Male»] (d <- CohenD(x, y, correct = FALSE, conf.level =.95, na.rm =TRUE)) ## d lwr.ciupr.ci ## -0.062634 -1.9627730.975000 ## attr(,"magnitude") ## [1] "negligible" Рис. 18. Использование t-теста и для сравнения переменной Maternal_height в группах, кодируемых переменной Infant_sex Таким образом, нулевая гипотеза о равенстве средних значений роста в группах матерей, родивших девочек или мальчиков, не может быть отклонена: t = - 1,397, p-value = 0,163, при незначимой величине эффекта -0,063. Пример анализа непрерывных данных для двух связанных выборок, имеющих нормальное распределение Как и ранее, в процессе анализа будут получены данные, рассчитаны средние значения и показатели распределения. Далее выполним парный t-тест Стьюдента, в параметрах теста аргумент paired должен иметь значение TRUE (рис. 19). Листинг 19 dat <- df_paired %>% select(id, tn1, tn2) %>% gather(key = 'test', value = 'result', - id) dat%>% group_by(test)%>% summarise(n = n(), mean_r = mean(result), sd_r = sd(result)) test n mean_r sd_r <chr> <int> <dbl> <dbl> tn1_40_85.855_9.1325 tn2 40 84.435 7.5784 Визуализация данных ggplot(dat, aes(test, result)) + geom_boxplot ( ) + coord_flip() tn2 tn1 70 80 90 100 110 result (ttestp <- t.test(result ~ test, dat, conf.level =.95, paired =TRUE)) ## ## Paired t-test ## ## data:result bytest ## t = 0.675, df = 39, p-value = 0.5 ## alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 ## 95 percent confidence interval: ##-2.83625.6762 ## sample estimates: ## mean of the differences ##1.42 (dz <- unname(ttestp$statistic/sqrt(nrow(dat)))) ## [1] 0.075448 Рис. 19. Использование парного t-теста Стьюдента Таким образом, в результате проведения анализа нулевая гипотеза о равенстве средних не может быть отклонена (t = 0,675, p-value = 0,504) при незначительном размере эффекта Cohen’s d - 0,075. Пример анализа непрерывных данных для двух несвязанных выборок, имеющих распределение, отличающееся от нормального На примере данных регистра оценим нулевую гипотезу о равенстве медиан возраста матерей в зависимости от факта курения до беременности (рис. 20). В данном случае как тест NHST используется тест Манна - Уитни - Уилкоксона в формате wilcox.test (numerical_variable ~ factor, data). Листинг 20 df %>% select(Smoking_before_pregnancy, Maternal_ age) %>% drop_na()%>% group_by(Smoking_before_pregnancy) %>% summarise(n = n(), median_P = median(Maternal_ age), Q1 = quantile(Maternal_age,.25), Q3 = quantile(Maternal_age,.75)) 60 Экология человека 2018.11 Методология научных исследований Smoking_before_pregnancy <fctr> n <int> median_P <dbl> Q1 <dbl> Q3 <dbl> no 1491 29 25 32 yes 348 27 23 32 Визуализация df %>% select(Smoking_before_pregnancy, Maternal_ age) %>% drop_na()%>% ggplot(aes(Smoking_before_pregnancy, Maternal_age)) + geom_boxplot() + coord_flip() I-1-Г °. 20 30 40 Maternalage (wt <- wilcox.test(Maternal_age ~ Smoking_before_ pregnancy, df)) ## ## Wilcoxon rank sum test with continuity correction ## ## data:Maternal_age by Smoking_before_pregnancy ## W = 297000, p-value =0.00002 ## alternative hypothesis: true location shift is not equal to0 Число использованных наблюдений nr <- min(length(na.omit(df$Maternal_age)), length(na.omit(df$Smoking_before_pr egnancy))) Значение (Z <- qnorm(wt$p.value/2)) ## [1] -4.2627 (r_sq <- Z**2/nr) ## [1] 0.0098807 Рис. 20. Использование теста Манн - Уитни - Уилкоксона Таким образом, нулевая гипотеза о равенстве медиан возраста в группах может быть отклонена (p-value < 0,001) при слабой величине эффекта, r = 0,01. Пример анализа непрерывных данных для двух связанных выборок, имеющих распределение, отличающееся от нормального В данном случае проверяется нулевая гипотеза о равенстве медиан в группах (рис. 21), как тест NHST используется парный тест Уилкоксона. Формат функции: wilcox.test (numerical_variable ~ factor, data, paired = TRUE). Листинг 21 данные dat <- df_paired %>% select(id, td1, td2) %>% gather(key = 'test', value = 'result', - id) dat %>% group_by(test)%>% summarise(n = n(), mean_r = median(result), Q1 = quantile(result,.25), Q3 = quantile(result,.75)) test n mean_r Q1 Q3 <chr> <int> <dbl> <dbl> <dbl> td1 40 32.55 28.375 39.700 td2 40 38.65 33.500 47.225 Визуализация данных ggplot(dat, aes(test, result)) + geom_boxplot() + coord_flip() td2 td1 20 30 40 50 60 70 result Парный тест (wt <- wilcox.test(result ~ test, dat, paired = TRUE)) ## ## Wilcoxon signed rank test with continuity correction ## ## data:result bytest ## V = 181, p-value = 0.0036 ## alternative hypothesis: true location shift is not equal to0 (Z <- qnorm(wt$p.value/2)) ## [1] -2.9096 (r_sq <- Z**2/nrow(dat)) ## [1] 0.10582 Рис. 21. Использование парного теста Уилкоксона Таким образом, нулевая гипотеза может быть отвергнута (p-value = 0,0036) при средней величине эффекта, r = 0,106. Пример анализа непрерывных данных для трех и более несвязанных выборок, имеющих нормальное распределение В случае нормального распределения данных для сравнения трех и более групп используется дисперсионный анализ. Он называется однофакторным, если распределение данных по группам происходит на основании категорий одного фактора. В ходе дисперсионного анализа проверяется нулевая гипотеза о равенстве средних в группах. Для этого функцией базового пакета aov создается модель в формате aov (numeric_variable factor, data), результаты анализа выводятся функцией anova. Результаты дисперсионного анализа могут указать на наличие различий средних в группах. Используемый в качестве post-hoc теста Dunn’s тест позволяет уточнить, между какими именно группами существуют различия (рис. 22). Листинг 22 dat <- df %>% select(Maternal_height, Maternal_ age_group) %>% drop_na() dat %>% group_ by(Maternal_age_group) %>% summarise(n = n(), mean_h = mean(Maternal_ height), sd_h =sd(Maternal_height)) Maternal_age_group n mean_h sd_h <fctr> <int> <dbl> <dbl> <20 115 161.58 6.2702 20-25 499 163.54 6.5110 25-30 670 164.02 6.0339 30-35 478 164.03 6.4442 >35 228 163.91 5.5238 Визуализация ggplot(dat, aes e g a _ l a n r e t a (M group, Maternal_ height)) + geom_boxplot() + coord_ flip() 61 Методология научных исследований Экология человека 2018.11 >35- <20 - - - • 140 150 160 170 180 Matemal_height f_aov <- aov(Maternal_height ~ Maternal_age_ group, dat) (ff <- anova(f_aov)) Df <int> SumSq <dbl> MeanSq <dbl> ue l> £ V Pr(>F) <dbl> Maternal age_group 4 654.24 163.559 4.2337 0.0020473 Residuals 1985 76685.62 38.633 NA NA ■a* f f < r f F > r( P [1] DunnTest(Maternal_height ~ Maternal_age_group, dat, method ='bonferroni') ## ## Dunn's test of multiple comparisons using rank sums :bonferroni ## ##mean.rank.diffpval ## 20-25-<20188.69326 0.0147 ## 25-30-<20219.17605 0.0015** ## 30-35-<20226.17309 0.0015** ## >35-<20220.09296 0.0079** ## 25-30-20-2530.48280 1.0000 ## 30-35-20-2537.47984 1.0000 ## >35-20-2531.39971 1.0000 ## 30-35-25-306.99704 1.0000 ## >35-25-300.91691 1.0000 ## >35-30-35-6.080131.0000 ## --- ## Signif. codes:0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' '1 (etasq <- EtaSq(f_aov, anova = FALSE)) ## eta.sq eta.sq.part ## Maternal_age_group 0.00845920.0084592 Рис. 22. Использование дисперсионного анализа Таким образом, нулевая гипотеза о равенстве средних значений роста в разных возрастных группах может быть отвергнута (p-value = 0,002). Результаты Dunn’s теста указывают на наличие значимых различий между группой в возрасте до 20 лет и всеми другими группами. Размер эффекта при этом незначительный (п2 = 0,0085). Пример анализа непрерывных данных для трех и более связанных выборок, имеющих нормальное распределение В данном случае используется метод дисперсионного анализа с повторными измерениями (рис. 23). Формула, используемая в функции: y ~ A + Error(Subject/A), где y - числовая переменная, A - фактор, Subject - переменная с идентификационными признаками. 62 Листинг 23 dat <- df_paired %>% select(id, tn1, tn2, tn3) %>% gather(key = 'test', value = 'result', - id) dat%>% group_by(test)%>% summarise(n = n(), mean_r = mean(result), sd_r = sd(result)) test <chr> n<int> mean_r <dbl> sd_r <dbl> tn1 40 85.855 9.1325 tn2 40 84.435 7.5784 tn3 40 95.540 9.4858 Визуализация данных ggplot(dat, aes(test, result)) + geom_boxplot() + coord_flip() tn3 Ф tn2 tn1 - ----• 80 100 120 result fit_paov <- aov(result ~ test + Error(factor(id)/ test), dat) summary(fit_paov) ## ## Error: factor(id ## Df Sum Sq Mean Sq F valuePr(>F) ## Residuals 39286473.4 ## ## Error: factor(id):test ## Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F) ## test22922146118.60.00000025 *** ## Residuals 78613879 ## --- ## Signif. codes :0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' '1 DunnTest(df_paired[, 2:4], method = 'bonferroni') ## ## Dunn's test of multiple comparisons using rank sums : bonferroni ## ## mean.rank.diffpval ## 2-1-7.48751.00000 ## 3-131.90000.00012 ## 3-239.38750.0000012 ##--- ## Signif. codes :0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' '1 EtaSq(fit_paov, anova = FALSE, type = 1) ## eta.sq eta.sq.part eta.sq. gen ## test 0.245050.322520.24505 Рис. 23. Использование дисперсионного анализа с повторными измерениями Пример анализа непрерывных данных для трех и более несвязанных выборок, имеющих распределение, отличающееся от нормального В данном случае для сравнения групп используется тест Kruskal-Wallis. Сравним с помощью данного теста массу тела матерей в различных возрастных группах. Нулевая гипотеза предполагает равенство медиан веса (рис. 24). Листинг 24 df %>% select(Maternal_age_group, Maternal_ weight) %>% drop_na() %>% Экология человека 2018.11 Методология научных исследований group_by(Maternal_age_group) %>% summarise(n = n(), median_BW = median(Maternal_ weight), Q1 = quantile(Maternal_weight,.25), Q3 =quantile(Maternal_weight,.75)) Maternal_age_group <fctr> n <int> median BW <dbl> Q1 <dbl> Q3 <dbl> <20 114 56 50.25 63 20-25 495 60 54.00 66 25-30 665 60 54.00 68 30-35 472 62 55.75 72 >35 225 68 60.00 77 Визуализация ggplot(df, aes(Maternal_age_group, Maternal_ weight)) + geom_boxplot ( ) + coord_f lip() Maternal_weight kruskal.test(Maternal_weight ~ Maternal_age_group, df) ## ## Kruskal-Wallis rank sum test ## ## data:Maternal_weight byMaternal_age_group ## Kruskal-Wallis chi-squared = 102, df = 4, p-value ## <0.0000000000000002 DunnTest(Maternal_weight ~ Maternal_age_group, df, method ='bonferroni') ## ## Dunn's test of multiple comparisons using rank sums : bonferroni ## ## mean.rank.diffpval ## 20-25-<20163.1810.05758 ## 25-30-<20227.6690.00079 *** ## 30-35-<20323.851 0.00000048927952802*** ## >35-<20543.410 0.00000000000000096*** ## 25-30-20-2564.4880.56179 ## 30-35-20-25160.6700.00011 *** ## >35-20-25380.230 0.00000000000000093 *** ## 30-35-25-3096.1820.04966 * ## >35-25-30315.742 0.00000000000617350*** ## >35-30-35219.560 0.00001896415842346*** ## --- ## Signif. codes:0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' '1 используется в листинге eta_kw <- function(nominal, ordinal) { Had] <- unname(kruskal.test(ordinal ~ nominal)$statistic) n <-sum(table(ordinal)) k <- length(table(ordinal) ) (Had] - k + 1)/(n-k)} eta_kw(df$Maternal_weight, df$Maternal_age_group) ## [1] 0.08708 Рис. 24. Сравнение нескольких несвязанных групп с помощью теста Kruskal-Wallis Таким образом, в результате анализа статистически значимые различия массы тела матерей в различных возрастных группах были найдены. Пример анализа непрерывных данных для трех и более связанных выборок, имеющих распределение, отличающееся от нормального Тестом, оценивающим значимость нулевой гипотезы для трех и более связанных групп в случае отличающегося от нормального распределения, является тест Friedman (рис. 25). В приведенном примере использованы симулированные данные. Листинг 25 dat <- df_paired %>% select(id, td1, td2, td3) %>% gather(key = 'test', value = 'result', - id) dat%>% group_by(test)%>% summarise(n = n(), median_r = median(result), Q1 = quantile(result,.25), Q3 = quantile(result,.75)) test n median_r Q1 Q3 <chr> <int> <dbl> <dbl> <dbl> td1 40 32.55 28.375 39.700 td2 40 38.65 33.500 47.225 td3 40 43.95 39.325 47.000 Визуализация данных ggplot(dat, aes(test, result)) + geom_boxplot() + coord_flip() td3 td1 - - - • • 20 30 40 50 60 70 result friedman.test(result ~ test | id, dat) ## ## Friedman rank sum test ## ## data:result and test andid ## Friedman chi-squared = 18.9, df = 2, p-value = 0.000079 Анализ DunnTest(df_paired[,2:4], method = 'bonferroni') ## ## Dunn's test of multiple comparisons using rank sums : bonferroni ## ## mean.rank.diffpval ## 2-1-7.48751.00000 ## 3-131.90000.00012*** ## 3-239.38750.0000012*** ##--- ## Signif. codes :0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 ' '1 KendallW(df_paired[,2:4], test = TRUE) ## ## Kendall's coefficient of concordance W ## ##data:df_paired[,2:4] ## Kendall chi-squared = 32.8, df = 39, subjects = 40, raters = 3, ## p-value = 0.75 ## alternative hypothesis: W is greater 0 ## sample estimates: ## W ## 0.28022 Рис. 25. Сравнение нескольких несвязанных групп с помощью теста Friedman В следующей статье серии мы рассмотрим корреляционный и регрессионный анализ в программной среде R.
×

About the authors

V L Egoshin

Semey State Medical University, Pavlodar Campus

S V Ivanov

I.P. Pavlov First St. Petersburg State Medical University

N V Savvina

North-Eastern Federal University

S B Kalmakhanov

Al-Farabi Kazakh National University

L M Zhamaliyeva

West Kazakhstan Marat Ospanov State Medical University

A M Grjibovski

North-Eastern Federal University; Al-Farabi Kazakh National University; West Kazakhstan Marat Ospanov State Medical University; Northern State Medical University

Email: Andrej.Grjibovski@gmail.com

References

  1. Кабаков Р. И. R в действии. Анализ и визуализация данных в программе R / пер. с англ. П. А. Волковой. М.: ДМК Пресс, 2014. 588 с
  2. Мастицкий С. Э., Шитиков В. К. Статистический анализ и визуализация данных с помощью R. М.: ДМК Пресс, 2015. 496 с
  3. Мастицкий С. Э. R: Анализ и визуализация данных. 2017. URL: http://r-analytics.blogspot.com (дата обращения 18.09.2018)
  4. Усынина А. А., Одланд И. О., Пылаева Ж. А., Пастбина И. М., Гржибовский А. М. Регистр родов Архангельской области как важный информационный ресурс для науки и практического здравоохранения // Экология человека. 2017. № 2. С. 58-64
  5. Altman D. G., Bland J. M. Parametric V Non-Parametric Methods for Data Analysis. BMJ. 2009, 338, p. a3167.
  6. Anuar, Roee. 2017. Ties Should Not Be Present ’in One-Sample Kolmgorov-Smirnov Test in R. Available from: https://stats.stackexchange.com/questions/232011/ties-should-not-be-present-in-one-sample-kolmgorov-smirnov-test-in-r/232067 (accessed: 18.09.2018).
  7. Bland J. M., Altman D. G. Analysis of continuous data from small samples. BMJ. 2009, 338, p. a3166.
  8. Bland J. M., Altman D. G. Statistics Notes: Transforming Data. BMJ. 1996, 312, p. 770.
  9. Cafiso S., DiGraziano A., Pappalardo G. Using the Delphi method to evaluate opinions of public transport managers on bus safety. Safety Science. 2013, 57 (8), pp. 254-263.
  10. Cohen J. 1988. Statistical Power Analys is for the Behavioral Sciences. 2nd ed. Lawrence Erlbaum Associates, Hillsdale, New Jersey, 1988.
  11. Crawley M. J. The R Book. 2nd ed. Wiley, 2013.
  12. Gung. 2015. Effect Size for a One-Sinple T-Test. Available from: https://stats.stackexchange.com/questions/116514/effect-size-for-a-one-sample-t-test (accessed: 18.09.2018).
  13. Hoekstra R., Morey R. D., Rouder J. N., Wagenmakers E. J. Robust misinterpretation of confidence intervals. Psychon Bull Rev. 2014, 21 (5), pp. 1157-1 164.
  14. Keselman H. J., Othman A. R., Wilcox R. R. Preliminary Testing for Normality: Is This a Good Practice? Journal of Modern Applied Statistical Methods. 2013, 12 (2), pp. 2-19.
  15. Lakens D. Calculating and reporting effect sizes to facilitate cumulative science: A practical primer for t-tests and ANOVAs. Frontiers in Psychology. 2013, 4, p. 863.
  16. Logan M. Biostatistical Design and Analysis Using R: A Practical Guide. Wiley-Blackwell, 2010.
  17. Mans T. 2014. Is Normality Testing ’Essentially Useless’? Available from: https://stats.stackexchange.com/questions/2492/is-normality-testing-essentially-useless/2501#2501 (accessed: 18.09.2018).
  18. Moyé L. Statistical Methods for Cardiovascular Researchers. Circulation Research. 2016, 118 (3), pp. 439453.
  19. Olejnik S., Algina J. Generalized Eta and Omega Squared Statistics: Measures of Effect Size for Some Common Research Designs. Psychological Methods. 2003, 8 (4), pp. 434-447.
  20. Pearson Ronald K. 2011. The Many Uses of Q-Q Plots. Available from: https://exploringdatablog.blogspot.com/2011/03/many-uses-of-q-q-plots.html (accessed: 18.09.2018).
  21. Peter Statistics. 2017. Crash Course. Available from: https://peterstatistics.com/CrashCourse/index.html (accessed: 18.09.2018).
  22. Rochon J., Gondan M., Kieser M. To test or not to test: Preliminary assessment of normality when comparing two independent samples. BMC Medical Research Methodology. 2012, 12 (1), p. 81.
  23. Rosenthal R. Meta-analytic procedures for social research. Newbury Park, CA, SAGE Publications, Incorporated, 1991.
  24. Schoder V., Himmelmann A., Wilhelm K. P. Preliminary testing for normality: some statistical aspects of a common concept. Clin Exp Dermatol. 2006, 31 (6), pp. 757-761.
  25. STAT500. Penn State. 2018. Applied Statistics. Available from: https://newonlinecourses.science.psu.edu/stat500/ (accessed: 18.09.2018).
  26. STAT502. Penn State. 2018. Analysis of Variance and Design of Experiments. Available from: https:// https://onlinecourses.science.psu.edu/stat502/ (accessed: 18.09.2018).
  27. Tomczak M., Tomczak E. The need to report effect size estimates revisited. An overview of some recommended measures of effect size. Trends in Sport Sciences. 2014, 1 (21), pp. 19-25.
  28. Wickham H. 2014. Tidy Data. Journal of Statistical Software. 2014, 59 (10).

Copyright (c) 2018 Human Ecology



This website uses cookies

You consent to our cookies if you continue to use our website.

About Cookies